重大なネタバレを含みます。
クリア後の方
クリアしたけどよく分かんなかった方
心臓が弱いから先に確認しておきたい方
全体像を確認して買われたい方
先にストーリーを確認して余裕を持って進みたい方は御覧ください。
プレイ時間：20～35時間
全編あらすじ（Story Plot）
ジョエルがエリーを救出してから5年後、ジョエルとエリーはワイオミング州ジャクソンにある農場で暮らすことになった。
生存者たちによるコミュニティーは順調に発展し、エリーはディーナとジェシーと友達になり、ディーナとは親密な関係になる。
冬、近隣の感染者の警備に向かったジョエルとトミー（ジョエルの弟）が突然行方不明になった。エリーとディーナは捜索に向かった。
ジョエルとトミーは感染者の群れに出くわす中でアビーという女性を救出した。感染者の群れから脱出したものの、3人はジャクソンから遠く離れてしまったので、仲間がいるという アビーの拠点へと向かった。
アビーの拠点に着いて ジョエルが自己紹介すると アビーの態度は一転した。アビーの仲間はジョエルとトミーを拘束した。
実はアビーは、ジョエルがエリーを救うときに殺したファイアフライの外科医アンダーソンの娘だった。
アビーはゴルフクラブでジョエルを殴り殺し殺害。 救出にやってきたエリーも捕まり、目の前でジョエルが殺されてしまう。エリーは復讐に燃える。
拘束されたエリーはディーナに救出され、トミーも脱出する。
春、トミーはジャクソンがWLFと戦うための物資を持っていないことに不満を抱き、シアトルの基地に向かう。（WLF：シアトルの軍事占領に抵抗している民兵集団。アビーも所属している）
エリーとディーナはトミーの後を追いかける。
2人はシアトルでWLF兵の巡回や感染者の群れを回避しながら進んでいく。エリーは感染者に対する免疫があることをディーナに明かし、ディーナは自分が妊娠していることを明かす。
翌日、妊娠によって衰弱したディーナをおいて、エリーは一人でトミーを追跡する。そこでトミーに同行していたジェシーに会うがジェシーも負傷していた。
エリーは一人で旅を続ける。
エリーはアビーのグループの一人であるノラという女性を探しているときに、シアトルの支配権をめぐってWLFと敵対する狂信者グループ：セラファイトに遭遇する。
エリーはノラを追跡し、アビーの居場所を言えと ノラを脅迫する。エリーはノラが元ファイアフライのメンバーであることを知る。 エリーはノラを尋問するが、ノラは拒否する。
ノラは ジョエルがエリーを救い出すために大勢を殺した事を訴えて最後まで口を割らなかった。エリーはノラを殴り殺す。
ここで2年前の回想になる｜エリーは一人で 自分が救出された病院を調査していた。エリーはテープレコーダーの記録から 既にファイアフライには治療薬を開発できる人がいなくなったことを知る。
エリーはジョエルと話し、ジョエルが自分を助けるために研究者を殺して、その結果 治療薬ができなくなったことを知る。
現在に戻る｜エリーはディーナたちと再会した後 ジェシーと一緒にトミーを追跡する。
道中でエリーは、アビーのグループの2人のメンバー、オーウェンとメルと遭遇しアビーの居場所を聞こうとする。しかし抵抗に遭い止む無く2人とも殺害する。
殺害後エリーはメルが妊娠していたことを知る。エリーはショックを受けて、自分の隠れ家を描いた地図を落としてしまうが気づかない。エリーはトミーに連れられて隠れ家に戻る。
エリーはディーナ、ジェシー、トミーと合流した後、ジャクソンに戻ることになった。しかし隠れ家でアビーの襲撃にあい ジェシーは顔を撃たれて死亡 トミーは人質に取られる。
ここでアビーの回想に入る｜WLF兵のアビーは、元彼のオーウェンが宗教団体セラファイトの活動を調査中に行方不明になったことを知る。アビーはその問題について話すためにWLFのリーダーであるアイザックに会う。
アイザックはオーウェンが敵対勢力のセラファイトに寝返った可能性があると話し、セラファイトを一掃するためにセラファイトの拠点を攻撃する予定だと話す。オーウェンを心配するアビーは探しに出かける
しかしアビーは途中でセラファイトに捕まってしまう。アビーはセラファイトを抜け出そうとしたヤーラという女性と一緒に処刑されそうになるが、ヤーラの弟のレブに救出される。3人は協力して逃げ出す。
アビーはオーウェンと再会する。WLFとセラファイトの間の戦争に疲れたオーエンは、ファイアフライが再編成していると思われるサンタバーバラに向かって出港しようとしているのを知る
ヤーラ（左）はセラファイトに腕を折られて重症のため、アビーは治療のためにヤーラをオーウェンとメルの所に連れて行った。一方でアビーはレブと一緒にWLFの病院から医療用品を回収する。
レブはセラファイトの教えに背いて髪を剃ったために追われることになったとうちあける
ヤーラの腕は治療のため切断された。レブは母親に会うために 一人でセラファイトの居留地に向かった。アビーとヤラはレブを追跡する。
二人は 家で落ち込んでいるレブを発見する。
レブによると 母親が自分を非難してきたので 突き飛ばしたら 母親は机に頭をぶつけて死んでしまったという。
ショックを受けるレブだったが、WLFがセラファイトの居留地を攻撃し、燃えだした。 2人はレブをつれて居留地から逃げ出す。
しかし アビーは逃げている途中で 二人を連れている所をアイザックに見つかってしまう。元セラファイトとはいえ、非常にマズい。
アビーは状況を説明しようとするが、銃殺されるのは確実なのでヤーラがアイザックを射殺。ヤーラは撃たれて死んでしまうが、そのスキにアビーとレブは脱出する。
アビーはオーウェンの元に帰るものの オーウェンとメルは殺されていた。アビーは現場で エリーの隠れ家を記したマップを見つける。
現在に戻る｜トミーはアビーと揉み合いになる。アビーはトミーを撃ってダウンさせる。
アビーはエリーとディーナと格闘になり、圧倒的強さで2人ともボコる。しかしディーナが妊娠していることを知り、レブが止めたこともあって、シアトルを離れろと警告して去る。
数か月後、エリーとディーナはジャクソンの農場でくらしていた。二人は平和にディーナの子供を世話したが、エリーはジョエルの死でストレス障害を患っていた。
そんな時 トミーがアビーの居場所についての情報を持ってやってきた。ディーナは「もう終わった話だ」というが、トミーはエリーに復讐しろとけしかける。
「ディーナはもう平和に暮らしているんだから やめろ」と必死に止めるがエリーは復讐に向かう。
一方 アビーとレブは ファイアフライの生き残りを探すためにサンタバーバラに到着した。置いてあった無線で 別のファイアフライの基地に連絡を取った。
すると無線でファイアフライらしき人物から返答があり、カタリナ島で合流しようと言われた。アビーとレブはカタリナ島に向かったが、無線の相手は盗賊団ラトラーズだった。2人は捕らえられる。
エリーはカタリナ島に到着しラトラーズ数人を殺すと、杭に縛られていたアビーを救出。
エリーはアビーに復讐しようとするものの殺すことはできず、アビーとレブに立ち去るように言った。
エリーがジャクソンの農場に戻ると、ディーナは赤ちゃんと一緒にいなくなっていた。エリーは残されたギターを弾きながらジョエルと話したことを回想する。
エリーは自分が死んだとしても治療薬ができたほうが良かったと打ち明けた。そのチャンスを奪ったジョエルは許せないという。しかしジョエルはもう一度チャンスがあっても同じことをすると伝えた。
エリーはジョエルの行為を一生許すことができないだろうけれど、許そうとは思っていると言うと、ジョエルも それでいいと答えた。
エリーはジョエルのギターを置くと、どこかに立ち去った。