アメリカ版Amazonアカウントをもってると、kindle for PCでログインする時に間違ってそっちにログインしてしまって「ライブラリに本が見つからねぇ！」となったりします。
日本Amazonのサーバーにログインし直せば大丈夫です。
1.kindle for PCを起動
2.ツールタブからオプションを選択
3.登録タブを選択、登録解除ボタンを押します。
（わたしの場合 登録方法のところがデフォルトになってた）
4.登録を解除してもええですか？と聞かれるので、チェックマークにチェックして登録解除ボタンをおします。
5.もう一回 kindle for PCを立ち上げます。登録画面にすすみます。はい、ここで下のサインイン先をAmazon.CO.JPにして Eメールとパスワードを入れます
6.これでライブラリに書籍が復活するはずです。お疲れ様でした。